联邦调查局档案柜中，关于爱因斯坦的详细的个人文件长达页，上面记录着联邦调查局对爱因斯坦所作调查的各项内容。《爱因斯坦文件》显示，此人与共产党有关联，自-年，一直是34个共产主义性质组织的成员、发起人或与之有所联系往来。他是三家共产主义组织的名誉主席，正率领着一个组织，打算对好莱坞进行接管。
爱因斯坦不是美国人。年，15岁的爱因斯坦出于对军事化模式的反感而离开了德国。第一次世界大战爆发的时候，他因为工作关系再度回到柏林。他对战争之深恶痛绝实出人意料之外，回到柏林不久后，他就号召欧洲人民团结起来，并且在轰动一时的反战宣言中签下了他的大名。并且还出席了和平组织大会，这一举动自然让世界为之震惊。
当然，爱因斯坦最大的成就并不是他的反战思想，而是他对人类物理学的的贡献。年，爱因斯坦提出著名的“相对论”，改写了空间和引力定律。随着他名气的增大，随后几年中，很多倡导和平以及裁军的组织都纷纷向他邀请，希望他能加入。爱因斯坦那时虽然工作很繁忙，但他仍然会抽出时间出席一些反战与维和的活动，甚至参加的争取和平活动竟让他的科学会议相形见绌。
爱因斯坦不但是一个反战者，还是一个激进主义者，是人权运动最早的倡导人之一。这样的思想在德国一定是不受政府欢迎的，纳粹党在年就把他列入了黑名单，以准备向他实施突然的打击。在美国，他的名气也是非常响。年，一个叫“妇女爱国者”公司的组织写了一封16页的信给美国国务院反映爱因斯坦的情况，信里说“即使斯大林本人也没有参加过这么多无政府组织”，该组织建议说，美国政府应该禁止爱因斯坦进入美国。
爱因斯坦在美国仅待了半年，联邦调查局就找到移民局，希望由他们出面，把爱因斯坦赶出美国。但移民局并没有与联邦调查局合作。所以，联邦调查局还得亲自动手，对爱因斯坦进行监视。
联邦调查局的监视计划主要针对两人，一个是爱因斯坦，另一个是爱因斯坦的秘书海伦·杜卡斯女士。海伦·杜卡斯已经在爱因斯坦身边工作五年，并且和爱因斯坦以及他的继女和姐姐一起住在普林斯顿的家中。爱因斯坦的妻子去世后，正是因为杜卡斯的不断努力才保证了爱因斯坦舒适的生活。联邦调查局认为，两人已经不仅仅是同事关系。
年初期，联邦调查局获得情报，认为杜卡斯可能从爱因斯坦那里得到了关于原子弹的材料，当时，爱因斯坦正在研究的原子弹取得突破性进展。于是，他们立即咬定她正在从事“高度可疑”的活动。调查随即展开，不过，让联邦调查局失望的是，调查毫无结果。负责监视爱因斯坦的情报人员要求联邦调查局监听杜卡斯的电话，可是，司法部拒绝了。至于拒绝的原因，现在不得而知。很可能跟当时白宫对爱因斯坦的重视有关（他当时正在制造原子弹）。不过，联邦调查局却认为，司法部担心授人以柄，因侵犯公众隐私而惹火上身。
不过，联邦调查局并没有因为上层的不支持而放弃对爱因斯坦的调查。他们开始暗暗跟踪打到爱因斯坦家的电话和送到他家的邮件，搜集爱因斯坦所接触人物的资料。让他们失望的是，他们所得到的一切资料都是无关紧要的内容。
只有几条能激发联邦调查局特工们的精神。其中一条是，爱因斯坦曾经和苏联副领事帕威尔·米可哈伊洛夫在纽约见过一面，而这次会面是由一个叫做玛格丽特·科奈恩科娃（又译作玛加丽塔·科涅库娃）的俄国女人安排的。据联邦调查局的调查显示，玛格丽特·科奈恩科娃是个苏联间谍。但当时的联邦调查局可能还不知道，这个女人还是爱因斯坦的情人（年拍卖的一封爱因斯坦的信件可供证明）。
在联邦调查局的眼中，玛格丽特·科奈恩科娃是个神秘的俄罗斯女人。上世纪30年代，已经结婚了的她与爱因斯坦邂逅相遇时，她当时的任务就是勾引大西洋西岸所有参与研制原子弹的科学家，让他们能为苏联原子武器的发展效劳。她相貌漂亮，气质优雅，很少有男人能在她的勾引下无动于衷。
后来，她混进了普林斯顿大学，只略用妩媚就捕获了爱因斯坦的心。爱因斯坦在玛格丽特回到苏联后寄给她的那些“情书”中，把他俩经常谈情说爱的那间办公室称为他俩的“洞房”。为了表现他的一往情深，爱因斯坦在情书的末尾别出心裁地将自己的首位字母和她的姓名末尾字母交错在一起来签名。
联邦调查局所调查出来的那件事情正是玛格丽特的安排，她成功地使这个科学家情人和她的上司——当时苏联驻纽约领事馆的副领事帕威尔·米可哈伊洛夫之间建立了联系。
美国在日本广岛投下原子弹后，玛格丽特·科奈恩科娃多次安排情人爱因斯坦与副领事进行面谈。在米可哈伊洛夫的特别“